Tra il IX e l'XI sec. furono erette sulle sue rovine due basiliche affiancate, la prima dedicata all'Assunta, la seconda a San Giusto; questa, originariamente a pianta centrale, fu poi allungata. 

Nel XIV sec. le basiliche furono unificate con l'abbattimento di una navata dell'una e dell'altra e l'erezione di una facciata assai semplice ed asimmetrica, dominata dall'elegante trina di un rosone gotico e ornata, come il nuovo campanile, con l'utilizzo del patrimonio lapideo e romanico del luogo o addirittura con i fregi d'arme.

All'interno della basilica le cose notevoli sono parecchie: basterà accennare ai mosaici absidali dell'Assunta e di San Giusto, opera di maestri veneti, databili al XII-XIII sec.

La trecentesca chiesetta di San Giovanni (antico battistero) a sinistra e San Michele al Carnale a destra, presso l'ingresso del Museo, completano sul sagrato un suggestivo complesso medioevale.

Sul piazzale si trovano l'ara a ricordo della consacrazione e deposizione delle armi della III Armata, la colonna con l'alabarda (simbolo della città di Trieste) e il Monumento ai Caduti della I Guerra Mondiale. Qui uno scavo degli anni '30 ha riportato alla luce i resti del Foro romano con la relativa basilica civile, costruita a due piani colonnati e con due absidi, di cui sono state ricostruite due colonne del piano inferiore.

L'opera di ricostruzione conseguente allo scavo ha messo in piena luce pure la mole del Castello, anch'esso custode di lunga storia, essendo la sua costruzione, impostata sui resti di precedenti castelli, durata quasi due secoli.